Im September 1970 wurde damit begonnen, schulpflichtige Patienten des Kinderspitals und der Kinderchirurgie Salzburg während ihres Spitalsaufenthaltes zu unterrichten. Zwei Lehrer*innen, die zunächst der Allgemeinen Sonderschule Aiglhof, dann der Sonderschule für Schwerstbehinderte zugeteilt waren, wurden dafür eingesetzt.

Im September 1973 wurde die „öffentliche Heilstättensonderschule für Knaben und Mädchen am Landeskrankenhaus Salzburg“ mit drei Klassen errichtet.

Heute hat die „Heilstättenschule Salzburg“ – so der heutige offizielle Schulname – 12 Klassen: 3 Klassen und die Direktion befinden sich in der Universtätsklinik für Kinder- und Jugendheilkunde; 2 Klassen am Institut für Heilpädagogik, 3 Klassen an der Kinder- und Jugendpsychiatrie der Christian-Doppler-Klinik Salzburg, 2 Klassen am Kinderspital Schwarzach und 2 Klassen an der Kinder- und Jugendreha Leuwaldhof in St. Veit im Pongau.

Die Heilstättenschule ist eine Landesschule mit dem Schulsprengel Bundesland Salzburg. Die Schule hat ein eigenes Budget, das von dem Leiter erstellt und verwaltet wird.